O nome de Persephone toma um novo significado nesta terceira entrega. Na mitologia, Persephone é a esposa de Hades, o governante do Inferno. O clube onde agora se encontram chama-se "Club Hell" .... Clube Inferno,

Na luta entre Neo vs Smith, os actores quanse não podiam ver o que estavam a fazer, devido à enorme quantidade de água. Os produtores contaram mais tarde que derramaram uma tonelada de água sobre Keany Reeves e Hugo Weaving por minuto.... durante as seis semanas de gravações da batalha final. A água era tanta que os atores tinham de usar impermeáveis debaixo da roupa e a máquina de água demororu dois meses a ser construída para conseguir dar o efeito desejado.

Durante a viagem de carro, podemos ver uma cena de Neo a mirar pela janela que é virtualmente similar à de "Matrix", quando assinalava um restaurante onde costumava ir almoçar. A intenção era mostrar a brutal mudança sofrida pelo personagem durante a trilogia.

Ao contrário de em "Matrix", neste filme não se utilizam canções, só a música instrumental de Don Davis. Para preparar o personagem, Keanu Reeves teve de ler três livros: "Simulation and Simulacra", "Out of Control" e "Evolution Psychology".

A batalha final está inspirada na do filme coreano Nowhere To Hide (1999). A última cena do filme é o único momento dos três filmes em que se podem ver zonas verdes e um céu azul dentro do Matrizx.

A história se continua no videojogo Matrix Online.